A Igreja Batista Avenida dos Estados nasceu da ‘fusão’ da Igreja Batista Ucraniana, que havia sido fundada no ano de 1952 na casa do irmão Gregório Regeta, com a congregação batista pioneira em Curitiba, sendo esta última um projeto missionário patrocinado pela Convenção Batista Pioneira do Sul do Brasil. 

A igreja ucraniana, seguindo a lógica de imigração da região sul do Brasil, era voltada para alcançar imigrantes ucraínos com seus cultos celebrados na língua de origem. Inicialmente liderada pelo pastor Adam Bonadarachik, funcionou em seus primeiros três anos na casa do irmão Gregório Regeta, com o apoio dos familiares. Em 1969 o irmão Gregório foi ordenado ao Ministério da Palavra, tornando-se, então, o líder pastoral da igreja pelos treze anos seguintes, até o seu falecimento em novembro de 1982. Foi como fruto da dedicação do pastor Gregório que, a igreja veio ganhar como sede o endereço em que permanece até os dias de hoje, na Avenida dos Estados, n°390, no bairro do Água Verde. Com o vazio da liderança do pastor Gregório a igreja passa a viver um longo processo de transição ministerial. De 1982 a 1990 a igreja ucraína foi liderada sucessivamente pelos pastores, Dirceu Fernandes do Amaral, Derek Punchard, Jasiel Guerreiro Martins e Adalberto Wolmer Moreira Jr. 

Sem uma liderança fixa, a igreja passou a orar por uma revitalização ministerial. Foi então que no início da década de 90 um grupo de crentes batistas passou a se reunir em uma escola de Curitiba-PR, liderado pelo Pastor Joaquim Marques Castanheira, que atuava como missionário da Convenção Batista Pioneira do Sul do Brasil.  O Pastor Joaquim Castanheira era natural de Portugal e de formação religiosa católica, chegou a ingressar no seminário desejando tornar-se padre, mas desistiu. Tendo recebido o convite da Convenção Batista Pioneira veio para Curitiba a fim de plantar uma igreja na capital paranaense. O objetivo era a plantação de uma igreja que pudesse especialmente servir de referência no acolhimento daqueles irmãos membros das igrejas pioneiras que porventura se deslocassem para a capital paranaense.  
Cremos que foi o Senhor que em sua soberania proporcionou meios do grupo da frente missionária em Curitiba da Convenção Batista Pioneira, conhecer o grupo constituído pelos irmãos ucraínos. Havendo uma grande afinidade entre os irmãos e com a convergência dos interesses ministeriais, lançou-se as bases para o nascimento de uma nova igreja com a junção dos dois grupos sob a liderança do pastor Joaquim Castanheira. 
Em 12 de Maio de 1991 a igreja ucraniana foi oficialmente dissolvida e os dois grupos se uniram como uma nova congregação. Foi assim que, um ano depois, em 23 de maio de 1992, era organizada a Igreja Batista Avenida dos Estados, com 70 membros arrolados como fundadores, tendo a Igreja Batista Alemã de São Paulo como igreja mãe, sendo filiada a Convenção Batista Pioneira do Sul do Brasil e também a Convenção Batista Brasileira.